東京・神奈川・静岡・長野で計６人が殺害される事件が起こった。どの現場にも麻雀牌が残され、犯人は被害者の所持品を１つずつ持ち去っていた。警察の捜査会議に参加したコナンは、そこで刑事に変装した黒ずくめの組織のメンバーを発見する。実は、広域連続殺人の被害者の中に組織の工作員がおり、犯人に持ち去られたメモリーカードを取り戻すために組織は事件の捜査員の中にスパイを潜入させていて…。