京都、舞鶴港沖。海上自衛隊によって、イージス艦の体験航海が開催されていた。ハイテク艦で繰り広げられる大迫力のクルーズを楽しむコナンや蘭、小五郎、そして少年探偵団たち。しかし突如、轟音が響き、艦内に不穏な空気が流れる。やがて間もなく、左腕のない遺体が発見される。捜査に乗り出したコナンは、艦内に某国のスパイ“Ｘ”が乗り込んでいることを知る。はたして“Ｘ”とは何者なのか…？そしてその目的は…。