調査依頼を受けたコナンたちは依頼人に指定されたテーマパーク「ミラクルランド」にやって来た。そこで全員に渡された腕時計型のフリーパスＩＤには爆弾が仕掛けられており、１２時間以内に事件を解決しなければ爆発するという。何も知らない蘭や少年探偵団を助けるためコナンは捜査を開始。途中で同じフリーパスＩＤをつけられた高校生探偵、服部平次や白馬探に遭遇し、怪盗キッドまで現れて…！？