阿笠博士の家のお風呂が壊れてしまい、銭湯に行くことになったコナンと灰原、そして蘭。ひとりで男湯に入ったコナンは、不審な男たちを見かけ声をかけるものの、浴室の入り口で足を滑らせて転倒。気を失ったコナンは男たちの車にのせられてしまう。しかも頭を打った衝撃で自分が誰かも分からない状態に！？一方、コナンを捜していた蘭の元に、コナンが隠し持っていた新一の携帯から「心配しないで」というメールが。それを知った灰原と阿笠博士がコナンのバッジを追跡すると！？