西多摩市に新しくできた３１９メートル、２９４メートルの高さを誇るツインタワービル。オープン前のビルを見学しているとき、コナンは黒ずくめの男たちが使っている車を見かける。しかもその週末、ビルの関係者がふたり、立て続けに殺害されてしまう。一方、阿笠博士は夜中に灰原がこっそりと電話をしていることに気づく。一連の事件は黒ずくめの男たちの仕業なのか？灰原の電話の相手とは？深まる謎を追うコナンたちは、逃げ場のない超高層ビルで絶対絶命の窮地に陥り…！？