阿笠博士とともに東都水族館にやってきたコナンたちは、ケガをして記憶をなくした女性と出会う。彼女の瞳は左右で色が違うオッドアイ。その風貌と雰囲気から、灰原は女性が黒ずくめの組織の人間ではないかと疑う。しかし、少年探偵団は自分たちで女性の記憶を取り戻そうと大はりきり、女性と観覧車へ乗り込んでしまう。実は女性は前夜に警察庁に侵入、逃亡中に事故を起こした犯人だったのだ。しかも、黒ずくめの組織が女性を奪い返そうと迫ってきていた！！