ポケモンマスターを目指し旅をするサトシ一行の前に、空から大きな幻のポケモン、「ボルケニオン」が降ってきた！人間嫌いだというボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議なリングで繋がってしまう。仕方なく、ボルケニオンは目的地である超カラクリ都市「アゾット王国」を目指してサトシたちと行動を共にすることに。奇妙な形で出会った彼らだったが、アゾット王国の地で、未知なる力を秘めた人造ポケモン「マギアナ」を救うべく、行く手を阻む敵とバトルを繰り広げる。果たして度重なるピンチを乗り越え、彼らはマギアナを救うことができるのか…！？