「宝島を見つける！」とジャイアンたちに宣言したのび太は、ドラえもんのひみつ道具“宝探し地図”を使って宝島を探す。地図が指し示した場合は、なんと太平洋上に突然現れた新しい島だった。船で宝島に向かったのび太たちは、あと少しで島に上陸というところで海賊たちに襲われる。その戦いのドタバタの中で、しずかが海賊船にさらわれてしまった。はたしてのび太たちは海賊からしずかを助けることができるのか？そして宝島に眠る財宝に隠された秘密とは一体何なのか！？