灰原からＡＰＴＸ４８６９の解毒薬をもらい、一時的に新一に戻ったコナンは、蘭や園子たちと京都に修学旅行にやって来た。そこで新一は、清水寺で出会った女優の鞍知景子から、仲間の元に届いた暗号を解いてほしいと頼まれる。しかし新一が仲間たちにあった直後、そのうちの一人が殺害されてしまう。その後も残りのメンバーが襲われる事件が続き、現場には必ずヤツデの葉と暗号が残されていた。今回、平次の協力を仰いでいた新一は平次と二人で事件の捜査に乗り出すが…。久々の新一と蘭のやりとりも見どころの物語♪中学年から。