全てのポケモンの“はじまり”と言われる、幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者が行方を追うなか、ついに一人の科学者がミュウの化石を発見し、それを元に神をも恐れぬ禁断の行為に手を染めてしまう。「ここはどこだ…。わたしは誰だ…。」最強のポケモンをつくりたいという人間のエゴによってこの世に生み落とされ、最強の兵器としての実験を繰り返される伝説のポケモン・ミュウツーは、人間に憎悪の念を宿していくー。「これは、わたしを生み出した人類への、逆襲だ！」中学年から。