のび太が拾った小さなロケットの中から、手のひらサイズの宇宙人・パピが現れた。彼は宇宙の彼方にあるピリカ星の要人で、反乱軍から逃れてきたと言う。のび太とドラえもんはひみつ道具『スモールライト』で小さくなってパピと仲良くなっていく。ところが、追ってきた反乱軍の戦艦が攻撃を開始、パピはみんなを巻き込んでしまったことに責任を感じ、一人で反乱軍に立ち向かおうとするが…。ドラえもんたちは大切な友だちと宇宙を守るためにピリカ星へと向かう！！中学年から。