黒の衣装に身を包み、幹部クラスには、酒やカクテルにまつわるコードネームが与えられる「黒ずくめの組織」。政財界にも影響力を持ち、邪魔になった人間は容赦なく排除する冷酷な集団だ。彼らが開発した毒薬ＡＰＴＸ４８６９を飲まされ身体が縮んでしまった工藤新一は、正体を隠すため江戸川コナンと名乗り、組織に逆って逃げてきた灰原哀を匿いながら、今日も彼らを見つけ追い詰めるために、推理する。危険な「黒ずくめの組織」の回だけを集めた、セレクション！中学年から。