「新一の姿に戻れるかもしれない！？」父・優作からもたらされた、奇跡の能力を持つという少年の噂。人類誕生の地・アフリカへ旅立ったコナンたちを待ち受ける陰謀と冒険。その果てにコナンが巡り会ったものは？コナンは新一に戻れるのか。