コナンと少年探偵団が訪れた地球環境の実験設備・Ｃドーム。外界と切り離されたドーム内で白骨死体が発見され、同時にドーム内のＣＯ２濃度をめぐる恐ろしい計画が発動した。孤立したもう一つの地球・Ｃドームでコナンのサバイバルが始まる。