ある科学者の身辺警護を請け負った小五郎とともに、離島へ向かうフェリーに乗船したコナンだが…。四方を海に囲まれた逃げ場のない船上で、コナンは危機を回避できるのか！？コナンと一緒に事件を解決しながら、理科の授業に役立つ知識を身につけよう！！