海ほたるを舞台にした「Ｆ」こと山崎四郎との戦いの最中、世衣から愛を告白された真之斗はそれを受け入れた。亜世砂は二人のことを祝福しつつも、真之斗への想いを吹っ切れずにいた…。一方、「Ｆ」の事件以降、暴走するＥＸＭＯＤたちが増加。「黄昏」機関のクラタの要請で、真之斗たち三人は彼らを捕獲する仕事を請け負っていた。そんな折、実体資料として真之斗たちを欲するアメリカ政府は、彼らを強奪するために強力な特殊部隊「アイヴァンホー」を日本に送り込む。少年少女たちの過酷な戦いを描く青春ＳＦ第２弾！