響裕太は再びグリッドマンと初めて出会った日に目を覚ます。何者かの手によって世界が歪められ、同じ時間を繰り返していることを確信した彼は、一度倒した怪獣たちと再び戦いながら、仲間とともにこの世界の謎に迫っていく。鍵を握るのは、黒髪の新条アカネ。“もう一人の神”である彼女が創り出した怪獣が時間を操作していると睨んだ裕太たちは、激闘の末にその怪獣カイヤロスを撃破する。だが、戦いの直後に裕太たちは再び始まりの日へと戻されてしまう。今一度繰り返される時間はさらなる変化を始め、怪獣も多種多様な方法で襲いかかってくる。もう一人のアカネが創り出そうとする、世界を終わりに導くという怪獣の全貌とはー！？