捜査が難航している殺人事件の犯人を教えたり、ある人物の殺害を予言し的中させる手紙が何通も警視庁へ届いた。差出人はいずれも“シャドーＸ”。正体を探り始める十津川班に“シャドーＸ”は宣戦布告し、翌日には亀井が乗ったエレベーターが爆破された。激怒する十津川も過激な報復にでる。そして恐るべき「平成維新計画」の全貌が露わになる！？