江戸から続く旧家の敷地で、十字架を帯びた５０体もの人骨が発掘された。若き外科医・松平が調査に向ったが大量の人骨は一夜にして何者かに運び去られていた。現場に残された十字架から、今日まで潜伏を続ける隠れキリシタンの結社“オラショパンヤ”の存在を知った松平は盗まれた人骨を追って天草へ。だが、血塗られた歴史の真相に迫る松平を、オラショパンヤの秘技『天帝隠剣』が襲う。「島原の乱」に仕組まれていた壮大な陰謀とは。