地球に侵入したエイリアンに対抗すべく、日本軍が総力をあげて完成した極秘兵器“機神”。敵の残骸から回収されたモジュールの利用により、人類は巨大ロボットを実現したのだ。その頃、旅順の日露戦争記念館から、二十八サンチ砲をはじめ大量の兵器が消失、兵団の一員である美貌の独り馬賊・白蘭花に疑いがかかる。中国秘密結社青幇の殺し屋、関東軍参謀本部の顧問、渤海の女海賊黄八妹を巻き込み、機神兵団はエイリアンの秘密基地へ。