陸軍参謀本部では、日独伊三国軍事同盟推進派が実権を握り、関東軍特務機関に機神兵団壊滅を命令。黒龍江での秘密任務に赴いた榊大作は日本人に襲われ、日本領事暗殺事件の犯人に仕立てられた白蘭花はハルピンで捕えられる。関東軍は時を移さず主を失った竜神、雷神を接収。ベルリンの真澄公彦にもゲシュタポの手が…。危うし機神兵団、三体の機神が再び集い、ナチスとエイリアンの反人類同盟に立ち向かう日は来るのか？