二年間の眠りから目覚めた白蘭花と榊大作に容赦なく襲いかかるアメリカのロボット軍団サンダーボルト。突然、雷神を操縦する白蘭花に異変が。再び時間のループに囚われてしまったのだ。一方、円盤が変化した土偶をめぐり柴火たちと対決する真澄公彦たち。死んだ仲間たちのためにもこれは渡せない。これこそが機神兵団が戦いつづけてきたエイリアンの正体なのだから-。時空を超えて、伝説の三機神がふたたび集う日は来るのか。四年に及ぶメカロイド戦史シリーズ堂々完結。