１９２３年９月１日、ついに関東に大地震が発生！タイムスリップした自衛軍特殊部隊の主導による事前対策が功を奏し、一次被害は大幅に軽減した。だが、多くの避難民が逃げまどうなか、朝鮮独立運動結社「義烈団」と共産主義武装組織「赤色戦線」による破壊工作が東京市各所を襲う。彼らの最終目的は、炎の竜巻「火災旋風」を発生させ、帝都を灰燼に帰すことー。自衛軍精鋭を中枢とする関東防災総司令部は、総力を挙げてこれに対抗。山本五十六中佐を擁する戦艦「長門」、大西瀧治郎大尉の操るＡＴ飛行船、加えてハルゼー中佐座乗の米海軍シェナンドー飛行船の協力を得て、凶悪なるテロリストと恐るべき大火災に挑むが…！？