過去二十年間に急速に発展を遂げた惑星パトリアは、いまや新たな宇宙連邦加盟国の最有力候補と目されている。ところが宇宙連邦と敵対するクリンゴン帝国もこの星に目をつけ、その傘下におさめようと魔手をのばしてきた。クリンゴンの機先を制して宇宙連邦に加盟させるべく、カーク艦長率いる航宙艦〈エンタープライズ〉は惑星パトリアへ向かうが、現地では政府と反体制テロリストたちが激しい内紛を繰り広げていた…。