２１世紀初頭、全世界に蔓延したウイルスにより、人類は死滅寸前にあった。地表をおおいつくした死のウイルスをさけ、密閉された地下都市で生活するわずかに生き残った人々。科学者たちは、ひとりの男に人類が生きのびるための一縷の希望を託して、鍵を握る時代ーすべてがはじまった１９９６年へと送りこんだ。そこで彼がつかんだ巨大な謎…“１２モンキーズ”とは？知られざる兵器か？秘密の軍隊か？それとも…。