ウルトラマンが去った後の地球でー世界各国は、異星人や怪獣に対抗できる新戦力の開発を進めていた。科学特捜隊の井手光弘はメテオールの実用化に成功する。翻ってインペイシャント博士は、巨人兵士を非人道的な方法で造り出していた。各国の利害が剥き出しになった開発競争のさなか、早田進に関係する実験の事故に巻き込まれた富士明子。彼女は、かつてメフィラス星人に操られていた、あのときの姿へと戻ってしまう！