インディ・ジョーンズは、大富豪ドノヴァンから相談を持ちかけられる。礫に処せられたキリストの血を受けた聖杯の所在を示す重要な手がかりを入手したが、調査隊の隊長が行方不明となったので、代わって探してほしいという。そしてその隊長こそ、聖杯研究の第一人者である父のヘンリー・ジョーンズその人だった。インディは、父が最後に消息を絶ったベニスへと向かう。伝説の聖杯を求め陸海空を縦横無尽に駆けるインディ。