新陰流の奥山休賀斎に師事した小笠原玄信斎は、信州・伊那谷の山中で修業を続けていた。長崎奉行である叔父・小笠原一庵に命ぜられた玄信斎は、長崎からフィリピン・マニラへと旅立った。どうやら彼の地で関ヶ原の残党や明国、エスパニア勢が糾合し、打倒徳川幕府を計画しているというのだ。真相を探る玄信斎の運命は。