和宮降嫁後、公武合体は順調に進むかと見えたが、幕府の理解者であった孝明天皇が突然崩御。日本中が激震するなか、伊東甲子太郎たちは、御陵衛士として新選組から分離独立を計画。対応に苦慮する近藤勇や土方歳三たちは、伊東等の脱退を認めるものの、馬丁の忠助を伊東とともに行動させ、伊東たちの殲滅の機会を探る。