１８８９年。万国博でにぎわうパリで、褐色の少女ナディアと発明ずきの少年ジャンは出会い、ナディアの持つ宝石ブルーウォーターをねらうグランディスら３人組のため、ふたりは逃走の旅に出ることになる。途中、アメリカの戦艦や謎の万能潜水艦ノーチラス号に救われたふたりがたどりついたのは、本当の敵ネオ・アトランティスの秘密基地のある島だった。そこでナディアは捕えられ、ジャンは３人組とともにナディア救出作戦を開始する。そしてネモ率いるノーチラス号も現れる。ノーチラス艦内でのナディアとジャンの体験する様々な出来事を描くスーパーノベライズ第２弾。