リビアの秘密基地攻撃のため朝鮮半島奇襲作戦を敢行した米賀だったが、その間に日本各地はリビア軍の攻撃を受け、日本の自衛隊は壊滅的な打撃を受けてしまった。さらに死活的要衝たるサイパン、テニアンも陥落。すでにアメリカ軍は、太平洋で作戦活動できる戦力はなく、自由世界の運命は巨大空母「米賀」と零戦飛行隊の手に委ねられていた。空母二隻を含むリビア機動部隊がカロリン諸島のトモヌト環礁に停泊中との報を受けた藤田提督は、アメリカから潜水艦ブラックフィンの供与を受け、秘密作戦を策定。マーク・アレン艦長の指揮のもと、決死の攻撃作戦が始まろうとしていた…。