東京でホテルの宿泊客が殺された。彼の滞在を内密に依頼した大学教授も行方不明に。解剖の結果、胃の中からエチゼンクラゲの肉片が発見され、警視庁捜査一課の十津川警部と亀井刑事は、クラゲ専門の加茂水族館がある山形・鶴岡へと向かう。館長・後藤の態度に不審を抱く二人。一方、東京では、被害者の身許が公益法人「山形の文化を守る会」の職員・岩田博司であると判明。再び後藤に事情を聞くため、十津川と亀井は指定された「いなほ五号」に乗り込むが、合流先の鶴岡駅で後藤が刺殺された！シリーズ最新作。