祇園社の神灯目付役・植松頼助は、家を焼かれ謎の虚無僧に襲われている男を救った。男は「日本書紀」などの神書を密かに板刻する彫り師だった。幕政に不満を持ち天皇親政を目指す人々が、天皇を讃える書物を頒布。これを問題視した幕府は隠密を使って弾圧を繰り返していたのだ…。巨大な敵に立ち向かう頼助たちを待ち構えていたものは！？祇園社神灯事件簿全五巻、完結。