十津川班の日下刑事は、叔父で元刑事・黒田信行のマンションを訪れた。黒田の娘から、父と連絡が取れないと相談を受けたからだ。部屋で日下が目にしたものは、何者かの死体だった！さらにその場には「ＫＯＫＯＫＵ１２×４」という謎のメッセージが…。やがて黒田の死体が琵琶湖で発見され、十津川は現場へ飛んだ。が、第三の死体が！？謎が謎を呼ぶ不可解な連続殺人に十津川が挑む！