外務省の役人が殺された。プロの犯行だった。極秘に捜査するエリート公安捜査官の小日向純也は、被害者の上司の不審死を知る。二人は、自衛隊の南スーダン派遣に関わっていた。そこが事件の真相に迫る鍵なのか。純也が事件を深追いすると、自身の出自が記載された国家機密でもある通称Ｊファイルが、他にも存在していると知る。まさかもう一人のＪが！？国家の陰謀が純也を追い詰める。