地球連邦首席の暗殺を謀った魔道士レヴィー・ラーの魔力で、一旦は文字通りの魔界都市と化しかけた悪夢の余韻が醒めやらぬなか、〈新宿〉は再び戦慄すべき姿を人々に示すことになった。魔界都市の中でも「最高危険地帯」として恐れられる新宿中央公園上空に、突如、伝説の古代バビロンの空中庭園が出現したのである。超物理学的な力で支えられ、空中に浮かぶ巨大な魔宮の主人は、人々の驚愕を尻目に、日本の要人達を招いて一堂に会させるべく、招待状を発送した。招待に応じ、京也は愛刀・阿修羅を携えて魔宮バビロンに入った。衝撃のデビューから６年、十六夜京也ここに復活。待望の“魔界都市〈新宿〉”第２弾。