がめつい貸しボート屋を困らせようと、夜の海にボートを出したぼくは、だんだん荒れてきた海の上で途方にくれていた。そこへ通りかかったのがキャプテン・グックの潜水艦。海でおぼれ死なずにすんだけれど、なんだかわけがわからないまま、ぼくは潜水海賊につかまってしまった。ぼくのめんどうをみてくれる料理人で、くさりがまをもつバイケンさんや、ハーモニカが上手なスパン・スポンさん、桜ふぶきのいれずみをした銀さん、いつも酔ってるヘンデル・バッハ博士など、海賊たちはおかしな人ばかり…。