旧校舎の地下に隠された遺跡、そしてその最奥に納められた強大な力を持つ遺物を巡り、フレデリカ、オールド・ブルー、ハルナ校長という三勢力がぶつかり合う。殺意に満ちた侵入者の前に、次々と倒れていく学級の生徒達。右を見ても左を見ても敵ばかりという状況の中、世界の命運を握る遺跡の前で、スノーホワイトは重大な決断を下すー。『魔法少女育成計画』から始まった魔法少女スノーホワイトの物語、ついに終幕へ！