はるかとおい海の底、４０万キロのかなたにある、色あざやかな楽園、ペパーランド。しあわせな歌と笑い声がひびき、サージェント・ペパー楽団の演奏が、いつも心をなごませてくれます。ところが、あるとき、音楽が大きらいなブルー・ミーニーが、ペパーランドにせめこんできました。ペパーランドは荒れはて、ねずみ色になり、冷たくしずまりかえってしまいます。そんな危機をすくったのがビートルズでした。ブルー・ミーニーの魔の手をのがれたフレッド船長は、イエロー・サブマリンに乗って、ビートルズのふるさと、リバプールへとやってきます。フレッドの必死のたのみに心を動かされたリンゴは、なかまのジョン、ポール、ジョージといっしょに、ぼうけんの旅に出ることにしました。ペパーランドに音楽と、愛と、平和をとりもどすために…。