無差別サリン攻撃と要人暗殺で日本をパニックにおとしいれたテロ教団「日本救済の家」の残党が、新たに地下組織「空極終末教団」を結成し、密かに国家転覆を企てていた。習志野の空挺団に狙いをつけた教団は、自衛隊員に薬物を打ってマインド・コントロールし、“戦士”に仕立てあげ、きたるべき決起に向けて訓練を積ませていた。警視総監の指令を受けた超法規治安維持部隊の中心メンバー三人は「究極終末教団」を壊滅するため、伊那谷と大菩薩峠の教団地下アジトに突入するが…。