昭和１６年。米国で勃発した第二次南北戦争。南軍に進攻される北軍の要請を受けた日本帝国は、八八空母計画を実現させハワイオアフ島を攻略するや、一気にハワイ八島を制圧し南軍の武力鎮圧の橋頭堡を築いた。が、米国本土では南軍の猛攻で太平洋側が封鎖されたため、日本は南軍の背後を衝くべく、コロンビアを中心とした反南米軍事同盟を構築させようと計画し、ベネズエラ政権転覆の謀略を工作する。そして、この作戦の人員輸送の飛行艇出撃拠点となった赤道直下のガラパゴス諸島近海で南軍機動部隊と死闘をくり広げる。