昭和１６年春、満洲や南方に進出意欲を燃やす日本軍は、函館と仙台に秘密航空基地を開設、アメリカとの開戦に備えていた。数年前からすすめていた一四試局地戦闘機計画によって誕生した「超雷電」は、零戦をしのぐ高性能を誇った。密かにすすめられた「超雷電」を中心とした秘密連合航空隊はすぐにその威力を見せつける。戦機が熟し、日本機動部隊の真珠湾奇襲攻撃が敢行されると、アメリカは空母部隊を日本近海に進出させようとするが、秘密連合航空隊はそれを阻止、さらにウェーク島の制圧を目指して攻撃を開始する。