北町奉行・遠山景元直属の影同心の一人であるお連は、御岳の山奥にある不知火の里の伊賀者であった。十六年前に不知火の里から逃れたお連は我が子を養女に出したが、その娘を伊賀者の頭目・風の勘兵衛に奪われてしまう。反目する南町奉行・鳥居耀蔵の探索方に次々と襲われるなか、遠山景元と影同心三人は、伊賀者一党が密かに企てた将軍暗殺の野望を打ち砕くため、蝦夷地の探険家・間宮林蔵に協力をあおぐ。