昭和１７年、日本は米軍とオーストラリア軍の連絡を断つため、西部ニューギニアに侵攻するが、米機動部隊と遭遇して作戦は頓挫する。先遣部隊との連絡のために、海軍の厄介者ばかりを乗せた哨戒艇１０７号がジャワから出港する。一方、ダーウィンからはアメリカのＳ級潜水艦サヴァンナが発進し、バンダ海沖で二艦は激しい戦闘に突入する。それぞれの乗組員は艦を捨て、名も知らぬ孤島へ辿りつき、新たな白兵戦を…。