航空自衛隊飛行教導群（通称：アグレッサー部隊）に所属するＦ-１５パイロットの森近は、訓練中に不明機の急襲を受ける。何とか空域を脱出した森近だが、同僚の深浦と安田の機体は撃墜され、行方不明となる。二人は目を覚ますと、独立国家樹立を目指す“ラースランド”が保有する最新兵器“クラーケン”の中に拘束されていた…。一方、森近は“クラーケン”捜索艦隊に派遣される。さらにリムパックによる作戦“ディープ・ライジング”によって、“クラーケン”を追い詰めていくのだが…。