鎖国政策の終焉は、海域警備の重要度を上げた。かつて吹きだまりと揶揄された船手奉行所は、国防を担うまでの存在に。その筆頭与力に出世した早乙女薙左は、ある日、海岸線で妙な一団を見つける。密入国か？調べ始めた薙左は裏で密命が蠢いていることを突き止めるが、少年時代に失踪した幼馴染みが絡んでいることも知り…。新シリーズ開幕。