冥き海の底、悠久の時を超え、“古の機関”が今目覚めた-。事件の発端はオホーツク海で遭難した漁船長青葉茂夫の生還だった。なぜか彼を追うロシア特務工作員と、さらに二人の美魔人-秘球を操る蓮華寺桂花、“古代遺産の番人”を名乗る白夜真祇の出現。三者が追う茂夫は、古代の力によって超戦士化し、ある密命を課せられていたのだ。ここに想像を絶する戦いが開始された…。茂夫の生還の理由と行く手に待つものとは。真祇と桂花の真の目的とは。