墓荒らしが横行し、横柄な町医者が増えていたー。鳥居耀蔵の策謀に嵌り、抗議の断食で死んだ元南町奉行矢部定謙は、奇跡的に息を吹き返し、江戸に戻る。だが、鳥居の悪政を目の当たりにし、「幽霊奉行」として生き、悪に立ち向かう覚悟を決めた。そこへ、名医跡見英淳が捕縛され、一連の事件の標的が北町奉行の追い落としと気づいた矢部は、大胆な指令を出す。