本書の第１部では原子や分子に関する基本概念を学ぶ。高校の教科書に出てくる原子模型は実際の原子とは大分かけ離れている。本書では正しい理解を促し、原子・分子のエネルギー状態や化学反応も数式的取り扱いで理解できることを学ぶ。第２部以降は有機化学である。生体中にある重要な化合物の特徴や性質を紹介し、引き続きできるだけ生体内の反応を例を引きながら、一通り化学反応について「何故そうなるのか」という観点から説明した。