大和、伊勢湾で武蔵と激突！共和二年、日本はナチスとソ連の連合軍によって占領、支配されていたが、ハワイに亡命していた山本五十六率いる連合艦隊が国内のレジスタンス組織の協力のもと日本奪回へ侵攻を開始した。しかし東京湾海戦の緒戦を飾った連合艦隊だが、アルノルト率いるＵボート戦隊に襲われ、武蔵が敵の手に落ちてしまう。一方、こちらの世界に戻った瑞摩鷹矢は共和日本で出会った少女・御所澪子が名古屋に現れたときいて、急きょ名古屋へとぶ。二つの世界が緊迫していくなか、大和は最後の決戦へ伊勢湾に向かう。